Écol. Science ayant pour objet l’étude des interrelations établies entre les micro-organismes et leur environnement biotique et non biotique.

Origine. Le terme écologie microbienne est utilisé depuis les années 1960 et illustre l’intersection écologie/microbiologie. Selon Ronald M. ATLAS et Richard BARTHA (1993), cette science doit son origine au rôle attribué aux micro-organismes quant à la qualité de l’environnement.